Facturation électronique auto-entrepreneur : obligations 2026

La facturation électronique va changer en profondeur la façon dont les auto-entrepreneurs envoient et reçoivent leurs factures. Initialement prévue au 1er juillet 2024, cette réforme a été repoussée : elle entrera finalement en vigueur à compter du 1er septembre 2026. Elle concerne toutes les entreprises assujetties à la TVA, et donc les auto-entrepreneurs, qu’ils facturent ou non la TVA à leurs clients. Qu’est-ce que la facturation électronique pour un auto-entrepreneur ? Que désignent l’e-invoicing et l’e-reporting ? Quel est le calendrier exact et quelle plateforme agréée choisir ? Dans ce guide complet, nous vous expliquons pas à pas le fonctionnement de la facture électronique pour que vous soyez prêt le jour J. Et si vous voulez prendre de l’avance dès maintenant, un logiciel de facturation auto-entrepreneur déjà conforme à la réforme reste la solution la plus simple.

Facturation électronique en auto-entreprise : définition

Qu’est-ce qu’une facture électronique ?

Comme le précise le Code général des impôts, une facture électronique est une facture éditée, envoyée et reçue sous forme dématérialisée. Elle comprend obligatoirement des données sous forme structurée dans un format prédéfini. Elle ne peut donc pas prendre la forme d’une facture papier ou d’un simple PDF.

Vous envoyez vos factures par mail ? Vous allez devoir changer de méthode. En effet, vous ne pourrez plus transmettre directement vos factures à vos clients professionnels. Vous devrez les déposer sur une plateforme agréée, qui se chargera ensuite de les acheminer vers la plateforme choisie par votre client. On parle aussi d’e-invoicing pour désigner cette obligation.

Qu’est-ce que le e-reporting ?

Les micro-entrepreneurs peuvent également être concernés par le e-reporting, c’est-à-dire la transmission à l’administration fiscale de certaines données de transactions. Concrètement, il s’agit de communiquer des informations comme le montant de la vente ou le montant de la TVA facturée pour les opérations qui ne relèvent pas de la facturation électronique.

L’e-reporting permettra à terme de reconstituer l’activité commerciale globale de votre entreprise. Son objectif final : le pré-remplissage automatique de vos déclarations de TVA.

Quels sont les objectifs de cette réforme ?

Cette vaste réforme poursuit plusieurs objectifs :

• lutter contre la fraude à la TVA ;
• simplifier les formalités des entreprises en leur permettant de profiter de déclarations pré-remplies ;
• améliorer la compétitivité des entreprises en réduisant la charge administrative et en raccourcissant les délais de paiement ;
• avoir une vision plus précise de l’activité économique en France.

Ce changement apportera aussi des avantages concrets. Vos factures seront obligatoirement conformes aux normes, ce qui vous donnera plus de marge de manœuvre en cas de litige.

Les auto-entrepreneurs sont-ils concernés par la facturation électronique ?

Auto-entrepreneur et e-invoicing

L’e-invoicing concerne toutes les transactions réalisées en France entre deux entreprises assujetties à la TVA, ce qu’on appelle les opérations B2B. Par conséquent, un auto-entrepreneur qui vend des biens ou des prestations de services à des professionnels est bien concerné par cette obligation. Rappelons qu’un micro-entrepreneur, même en franchise de TVA, est considéré comme assujetti à cette taxe.

Seules quelques activités ne sont pas assujetties à la TVA :

• l’enseignement et la formation professionnelle pour certains organismes ;
• les professions médicales et paramédicales ;
• les établissements de santé ;
• les opérations d’assurance et de réassurance ;
• certaines opérations bancaires et financières.

Si vous exercez dans l’un de ces domaines, il est possible que vous ne soyez pas concerné par l’e-invoicing.

Vos clients sont des particuliers ? Vous pourrez continuer à leur envoyer vos factures auto-entrepreneur comme vous le faites actuellement. En revanche, vous serez probablement concerné par le e-reporting.

Auto-entrepreneur et e-reporting

Toutes les entreprises assujetties à la TVA établies en France sont concernées par le e-reporting si elles vendent des biens ou des prestations de services à :

• des clients particuliers (transactions B2C) ;
• des clients étrangers, qu’il s’agisse d’entreprises ou de particuliers (exportations, livraisons intracommunautaires).

Facture électronique auto-entrepreneur : le calendrier

Le calendrier de cette réforme est fixé par l’article 91 de la loi de finances pour 2024, complété par la loi n° 2026-103 du 19 février 2026. Il remplace celui prévu par l’ordonnance du 15 septembre 2021, qui avait initialement fixé un déploiement à partir du 1er juillet 2024.

Désormais, le calendrier est le suivant :

• toutes les entreprises devront recevoir leurs factures au format électronique à partir du 1er septembre 2026 ;
• les grandes entreprises et les ETI devront émettre leurs factures au format électronique à partir du 1er septembre 2026 ;
• les PME, les micro-entreprises et les auto-entrepreneurs devront émettre leurs factures au format électronique et transmettre leur e-reporting à partir du 1er septembre 2027.

Vous pensez avoir largement le temps ? Regardez bien ce calendrier. Si l’obligation d’émettre des factures électroniques peut attendre 2027 pour vous, vous devez tout de même être capable de recevoir les factures de vos fournisseurs sous format électronique dès le 1er septembre 2026. Cela signifie que vous devez avoir choisi et configuré votre plateforme agréée d’ici-là.

Comment faire une facture électronique en micro-entreprise ?

Bien comprendre le fonctionnement

Dans un premier temps, vous allez devoir vous concentrer sur la réception de vos factures fournisseurs. Celles-ci vous parviendront sous forme électronique par le biais de la plateforme agréée que vous avez choisie, qui peut être différente de celle de votre fournisseur.

Concernant la deuxième phase, à partir de 2027, vous adresserez vos factures à vos clients professionnels via votre plateforme agréée. Celle-ci se chargera de les transmettre à la plateforme de votre client. Les plateformes agréées sont toutes capables de communiquer entre elles, dans ce qu’on appelle le « modèle en Y ».

Le format de la facture électronique

Actuellement, vous éditez probablement vos factures au format PDF ou Word. Cela ne sera bientôt plus possible pour les transactions entre professionnels. Les factures électroniques seront obligatoirement dans l’un des formats suivants :

• le format Cross Industry Invoice (CII) ;
• le format Universal Business Language (UBL) ;
• le format mixte Factur-X, qui combine un PDF lisible et un fichier XML de données structurées.

Pas d’inquiétude : c’est à votre plateforme agréée que revient la mise au format de la facture. Vous n’avez pas à vous en charger manuellement.

Choisir une plateforme agréée (PA)

Vous l’avez compris, pour recevoir ou émettre des factures électroniques, vous devrez obligatoirement passer par une plateforme agréée (PA), comme Indy par exemple. Une PA est un opérateur privé certifié par la DGFiP, anciennement appelé plateforme de dématérialisation partenaire (PDP). Concrètement, la PA va notamment :

• émettre, transmettre ou recevoir la facture, en la convertissant si nécessaire dans le format adéquat ;
• extraire et transmettre certaines données à l’administration fiscale via le PPF (nom du fournisseur, du client, montant HT, montant de la TVA, taux appliqué) ;
• transmettre à l’administration les données qui ne font pas l’objet d’une facture électronique (e-reporting).

Peur de faire le mauvais choix ? Pas d’inquiétude. Vous pourrez à tout moment changer de plateforme agréée, et il vous est même possible d’en utiliser plusieurs selon les besoins de votre activité. La liste officielle des plateformes immatriculées est consultable sur impots.gouv.fr.

Peut-on utiliser un logiciel de facturation existant ?

Oui, à condition que votre logiciel soit connecté à une plateforme agréée ou qu’il ait lui-même le statut de PA. Certains logiciels agissent comme opérateurs de dématérialisation (OD) : ils préparent vos factures dans le bon format et les transmettent à une PA partenaire, de façon transparente pour vous au quotidien.

Vous utilisez déjà un logiciel de facturation pour votre auto-entreprise ? Assurez-vous qu’il est bien connecté à une PA agréée pour 2026. Indy a fait ce choix et propose une solution de facturation 100 % gratuite, déjà pensée pour vous accompagner dans cette réforme.

Les nouvelles mentions obligatoires sur vos factures auto-entrepreneur

À compter du 1er juillet 2024, vous avez l’obligation d’ajouter 4 nouvelles mentions sur vos factures. Ces mentions s’appliquent dès maintenant, indépendamment du calendrier de l’e-invoicing.

Zoom sur les nouvelles mentions obligatoires

• le numéro SIREN de votre micro-entreprise (9 chiffres) ;
• l’adresse de livraison des biens, si elle est différente de l’adresse de votre client ;
• la nature de l’opération commerciale : vente de biens, prestation de services ou opération mixte ;
• le paiement de la TVA d’après les débits, uniquement si vous avez opté pour cette méthode (cas rare en micro-entreprise).

Ces 4 mentions s’ajoutent aux mentions déjà obligatoires sur vos documents commerciaux. Pour une liste complète à jour, consultez notre guide sur les nouvelles mentions obligatoires des factures. Si vous utilisez un modèle existant, mettez-le à jour sans attendre.

Le même principe s’applique à vos devis. Si vous cherchez une base de travail prête à personnaliser, notre modèle de devis auto-entrepreneur gratuit intègre déjà ces évolutions, tout comme notre guide sur le devis auto-entrepreneur.

Que risquez-vous en cas de non-conformité ?

La loi n° 2026-103 du 19 février 2026 a précisé les sanctions applicables en cas de non-respect des obligations liées à la facturation électronique. Ces sanctions s’appliquent à partir des dates d’entrée en vigueur qui vous concernent.

Quelles sont les amendes prévues ?

• 50 € par facture non émise au format électronique (plafond 15 000 € par an) ;
• 500 € par transmission manquante en cas de défaut d’e-reporting (plafond 15 000 € par an) ;
• 500 € en cas d’absence de plateforme agréée après mise en demeure, puis 1 000 € si le manquement persiste.

Ces montants sont des sanctions encourues, pas des amendes automatiquement appliquées dès le premier jour. L’administration fiscale conserve une certaine flexibilité pour les entreprises de bonne foi. Mais ne pariez pas sur la clémence : les plafonds annuels s’accumulent vite si la situation n’est pas régularisée.

Facture électronique auto-entrepreneur : foire aux questions